Kiedy grupa rekinów atakuje platformę wiertniczą, Dane Quarell (Lorenzo Lamas) wraz z ekipą zostaje wysłany aby przeprowadzić śledztwo. Kiedy również i ich łódź zostaje zaatakowana jedynymi ocalałymi są Dany i dwaj członkowie ekipy. Kilka godzin później zostają zabrani na podwodną łódź marynarki wojennej gdzie odkrywają prawdę o rekinach jakiej się nie spodziewali.

Stacja przesyłowa położona w Zatoce Meksykańskiej niespodziewanie pada ofiarą skoordynowanego ataku stada rekinów. Właściciel obiektu dr Summerville (Bruce Gray) każe uprowadzić dwoje biologów morskich, Dane'a Quatrella (Lorenzo Lamas) i Robin Turner (Simmone MacKinnon), którzy po utracie instytutu zajmują się wyłudzaniem od zamożnych ludzi pieniędzy na fikcyjne wyprawy poszukujące Atlantydy. Para zostaje wynajęta do uczestniczenia w ekspedycji mającej ustalić przyczyny zdarzenia. Gdy badacze przeszukują stację, ich łódź podwodna staje się celem kolejnego ataku agresywnych żarłaczy. Ocalali trafiają na pokład okrętu marynarki, gdzie odkrywają, że rekiny są efektem eksperymentów genetycznych w ramach projektu broni biologicznych "Ciemne Wody" zapoczątkowanego przez ojca Quatrella. Po odkryciu, że załoga zamierza zlikwidować niewygodnych świadków, Dane i Robin starają się wymyślić sposób na ucieczkę z podwodnej pułapki...